慢性肾盂肾炎的治疗:一般治疗，注意个人卫生，摄入充足水分，定期排空膀胱，睡前排尿，可行二次排尿法。寻找复杂因素并去除，如手术解除梗阻或纠正反流等。应用抗生素治疗的原则：仅治疗有症状的细菌尿、用药之前行细菌培养并根据药敏结果选用抗生素、忌盲目使用抗生素而不注意去除复杂因素。
慢性肾盂肾炎的治疗分为普通治疗和抗感染治疗两部分，普通治疗包括多饮水，勤排尿；若伴有发烧，应对症降温处理，并卧床休息；若有结石或者畸形存在，可以进行外科治疗。抗感染治疗，针对培养细菌，进行相应抗感染治疗。治疗以后也需要每月复查1-2次，若有复发情况发生，则继续进行治疗，直到尿细菌培养为阴性为止。
慢性肾盂肾炎多来自急性肾盂肾炎，常见于女性，多由尿路逆行性感染引发，具有反复发作的病史，出现乏力，食欲不振，腰酸痛，尿频，发热，肉眼血尿等情况，可就诊肾内科诊治，注意休息，增加营养，纠正贫血，抗感染治疗，清除原发感染灶，解除尿路梗阻等，必要时手术治疗。
慢性肾盂肾炎较好的治疗办法有：抗菌药物治疗，常需两类药物联合应用，药效无用时可选用敏感药物分2-4组，轮换应用，可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。中药治疗，可服用中药，增强体质及抗感染能力，减少复发，保护肾功能，必要时可采取中西医结合，取长补短。
出现慢性肾盂肾炎后的治疗办法有：病因治疗，先查明原因，再根据病因预防及治疗，若病情较轻，可按药敏选择用药，若病情较重，应用大剂量杀菌药治疗。紫外线疗法，对于反复发作的慢性肾盂肾炎无肾功能不全的病人，采用肾区紫外线照射，有一定的治疗作用。
治疗慢性肾盂肾炎的方法是：抗菌药物治疗，常需两类药物联合应用，药效无用时可选用敏感药物分2-4组，轮换应用，可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。超短波疗法，将两个板状电极置于肾区，即肋脊角与肋腰角之间的区域，前后对置，无至微热量。