需要根据囊肿的大小而定，如果囊肿较大就需要进行手术切除，药物治疗是没有什么效果，而且在术后定期复查囊肿，是有复发可能。囊肿是属于基因突变导致的，大部分是良性的，囊肿过大是会引起肾功能的损伤，需要特别的注意。
当肾脏的囊肿在4cm以上、8cm以内时，这种大小的囊肿采用穿刺注射硬化剂进行治疗。如果囊肿较大，囊肿的直径大于8cm，并且对周围脏器压迫比较明显，考虑行腹腔镜肾囊肿去顶减压手术来解除囊肿对周围组织的压迫。
左肾囊肿，通常来说是良性的，如果在5公分以下不需要特别治疗，可以定期检查一下，并且还要需要注意，5-10公分要注意进行穿刺治疗，10公分以上可以做一个手术来进行治疗的，多注意休息，不要剧烈运动。
如果囊肿比较小可以不做特殊处理，但是需要防止囊肿引起感染，定期复查彩超了解囊肿大小变化。如果囊肿增大，直径大于4cm，对肾盂，输尿管造成压迫，或者伴有持续腰部胀痛影响正常生活，就需要做出相应处理。主要的方法有彩超引导下囊肿穿刺抽液，开放手术囊肿去顶减压，后腹腔镜下囊肿去顶减压等。
左肾囊肿一般为结构异常，无症状的不需要治疗，需要防止囊肿引起感染，如果囊肿增大，直径大于4cm，对肾盂，输尿管造成压迫，或者伴有持续腰部胀痛影响正常生活，引起尿路梗阻，可以使用囊液抽吸术。