肾脓肿的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗，疗程通常要半年以上，需要配合做引流治疗，治好后，多不会复发。另外平时饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，注意合理睡眠。
肾脓肿多和细菌感染有关的，如果是普通的细菌感染，则属于比较容易治好的，如果是结核分枝杆菌所致的改变，则治疗比较困难的，疗程通常要半年以上的，这种疾病的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗的，多需要配合做引流治疗的，治疗后，多不会复发的。
药物治疗结合早期的引流。传统的治疗提倡切开脓肿引流，在超声或CT引导下经皮穿刺安置适当大小的引流管也可以。如经皮引流无效时，必须及时切开引流或作肾切除术。对于肾周脓肿来说，仅用抗生素治疗是不够的。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘?，充分引流，若肾功能恢复?，则矫治梗若，功能?不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
肾脓肿首先表现是患侧肾区的疼痛，高热，通过彩超或者CT可以发现肾脏周围的间隙不清，腰大肌的轮廓模糊，抽血化验血象可以明显的升高，这种种征象可以提示肾脓肿。肾脓肿的处理方案，首先是做肾脏的穿刺造瘘引流，只有通过引流通畅，肾脏里面内部压力减低，这样才可以有效的控制症状。另外要做脓液的培养，积极的抗炎，补液处理。