如果直径大于5cm或者伴有明显的腰区胀痛、坠胀等，可以治疗。现在多采用经腹腔镜囊肿去顶术，手术创伤小，恢复快，效果好。也可以采用彩超引导下囊肿穿刺抽液，注入硬化剂治疗，但复发的机会比较大，现在常常用于不能耐受手术，年龄比较大，体弱者。肾囊肿药物治疗是无效的。如果肾囊肿伴有钙化，更应该及时到泌尿外科就诊。
艾灸是不能治疗肾囊肿的，药物也不能治疗肾囊肿，肾囊肿的发病的原因是扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
肾囊肿手术治疗费用是10000元到30000元左右，但是每个医院的收费水平标准都不一样，所以费用上是不一样的，需要到正规的医院去进行手术治疗。手术之后要注意好护理的工作，避免感染的情况发生。
肾囊肿一般不会留下后遗症。如果是较小的肾囊肿，没有什么不舒服的，可以暂时不治疗，定期复查就可以了。如果是囊肿的直径比较大了，而且压迫症状，就需要做手术治疗了。一般没有严重的并发症，就是有可能会复发。