单纯的肾囊肿只要直径不超过10cm一般是不需要手术的，但是直径大于5cm以上而又对周围产生组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要采取囊液抽吸术并囊内注射硬化剂的。
艾灸是不能治疗肾囊肿的，药物也不能治疗肾囊肿，肾囊肿的发病的原因是扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
肾囊肿穿刺，如果是个单发的肾囊肿，一般都是门诊手术。穿刺后，一般要求病人24小时平卧休息，但是如果是囊肿是多发的囊肿，这种穿刺一般要求住院治疗，住院穿刺后，一般还要休息三天左右。
肾囊肿的治疗需因人因病情而异，不可一概而论，因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，因此对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，如患者腰部疼痛、排尿异常系由于肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗，但容易复发。
果单纯性肾囊肿直径大于六厘米以上，或产生了压迫症状，可以通过肾囊肿去顶减压术来得到治愈，但是不能保证肾囊肿不再复发。然而如果是遗传性肾囊肿，通常表现为多囊肾合并多囊肝，目前来说没有办法治愈，仅在多囊肾囊肿较大时，可以通过去顶减压手术来得到缓解。