较小的肾囊肿直径小于5厘米，如果没有对肾实质造成压迫，不影响肾功能的话，通常不需要治疗。如果囊肿较大超过5厘米，压迫肾实质造成肾功能减退，可以选择注射硬化剂，或者是去顶减压术。
多发性肾囊肿，如果肾囊肿比较小，肾功能没有什么影响，也没有出现什么不适症状，是不严重的。应如果现在没有什么不适症状，定期到医院复查就可以。如果肾囊肿不断增大，就需要采取肾囊肿切除手术。
可以微化中药渗透治疗，进入肾脏的有效成份对囊肿上皮细胞进行灭活，使其丧失分泌活性，囊内液不再继续分泌，囊肿就会停止在这现有阶段不再长大。要通过药物增加囊肿表面血液循环的通透性，回吸收囊内液，通过人体的代谢最终从尿液中排出体外。这是在从根本上治疗囊肿，一般不会复发。
多发性肾囊肿是不严重的。是由先天发育畸形引起的，囊肿直径小于五厘米不会危害到身体健康，可不做治疗，但应及时体检，注意观察囊肿是否增大。又比单发的肾囊肿某些情况之下严重，当多发的肾囊肿直径大于五厘米，会压迫肾脏，影响肾脏结构，从而影响肾脏的功能，但不会出现高血压，肾功不全的症状，而且不发生癌变。
多发性肾囊肿危险，多发性的肾囊肿往往对肾脏的结构破坏更大，对肾脏的功能影响更大，可能会出现一侧的肾脏功能明显受损。因为人身体只有两个肾脏，如果肾脏全被破坏，对肾功能会有极大的影响。