肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
去除肾积水的病因，保留患肾，如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在去除病因以后，往往会获得良好的效果。手术方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部狭窄，可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或者取石术，这些手术近年来可用内腔镜，就是腹腔镜来进行，术后肾积水及肾功能就会有明显的改善。
肾积水是十分常见的一种疾病，肾积水主要是存在有输尿管梗阻或者其他的尿路梗阻。输尿管梗阻常见的原因是输尿管狭窄或者输尿管结石，引起肾脏积水。肾积水治疗的关键是及时解除梗阻，如果是输尿管狭窄引起的肾脏积水，通常可以行输尿管切除断端吻合手术，只要将狭窄段去除，就会使肾积水缓解。
对于肾结石，肾积水等疾病，仍需结合具体患者情况具体分析。
由于对不同严重程度肾积水和不同尺寸肾结石所采用的治疗方案有所不同。因此对于肾结石肾积水患者来说，还是要先去正规的医院做一个细致的检查，用CT泌尿系彩超或X线等检查清楚患者具体的肾结石尺寸，肾结石位置和肾积水轻重，进而才能确定更好治疗方法。
对较大肾结石、较严重肾积水通常需手术治疗，对较轻肾积水、较细小肾结石则可采用保守治疗。若保守方法疗效不佳时，则考虑再次手术。
通常情况下，孕期右肾积水可以通过药物、手术治疗。
孕期右肾积水，如果明显的有肾绞痛的表现，可以注入硫酸镁针剂、间苯三酚针剂、黄体酮针剂缓解疼痛，并且不危害胎宝宝。与此同时，在局麻下开展输尿管置管手术治疗，将积水注入肾脏功能，可以有效的维护肾脏功能，直到不必出生后，可以进一步查验积水的缘故。如果是尿结石造成的，可以选择体外碎石、内镜下的激光碎石处理结石。
左肾积水要根据积水的多少判断，若是刚发现，肾盂不明显可以暂时不处理，观察肾积水的情况即可。
若病情进展，肾实质受压明显，要尽快手术处理，若没有明显变化，可以继续观察，手术治疗肾积水的进展也不能保证，肾盂扩张能否完全恢复。肾积水量较大时，肾实质受压较明显，要尽快手术治疗保证肾功能，若巨大肾区合并感染，要根据左肾情况判断，轻度的感染可以尽早手术，有脓肾、肾功能丧失的情况左侧肾可能需要切除。
