手术治疗，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石，解除梗阻的一种技术和治疗手段。
开放手术取石术，目前开放手术只适合很少一部分病人，如无功能结石性脓肾、结石合并癌症，或微创技术治疗无效者；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
肾积水的主要治疗，第一个就是去除肾积水的病因，保留患肾，例如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在起除病因以后，即可获得良好的效果。手术的方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部的狭窄，可以做肾盂成形术。
在临床上常用的治疗方法，有对因治疗、对症治疗以及其他治疗。而对于所有疾病，对因治疗是最有效的治疗方法。所以治疗肾积水，就应该从病因开始治疗。而从肾积水的主要病因来讲，一方面是泌尿系统先天性的结构异常，而另一方面是由于某些泌尿系统疾病所致，例如泌尿系的炎症、结石、肿瘤等因素，再有就是来自泌尿系外伤愈后形成的瘢痕以及盆腔其他器官的肿瘤的压迫等因素。所以基于这些不同的病因，需要采取不同的治疗手段。
肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。