常用的肾积治疗的方法有：肾切除术，肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重感染即肾积脓时，如对侧肾功能良好，可切除病肾；严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。
病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；手术疗法，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；体外冲击波碎石治疗，体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。
药物治疗，合并感染者应给予抗生素治疗，消灭感染，缓解症状；冲击波体外碎石治疗，该技术是根据结石大小，电脑自动跟踪，精确定位结石，通过超声波的冲击，在体外将结石击成粉末或小米粒状，然后随尿液排出体外。
怀孕肾积水主要是因为，子宫过大，压迫到输尿管，导致尿液无法顺利排出。
这样可引起肾积水，尤其在孕中晚期积水越来越严重，建议注意睡眠的姿势可缓解对输尿管的压迫，需要时可采取左侧卧位或交替性右侧卧位，从而使输尿管的压迫解除，梗阻的状况逐渐减轻。
胎儿降生时肾积水自然减轻，此肾积水为生理性肾积水而非病理性肾积水。如积水较重可进行双侧双截管置入以减轻排尿困难，对此种情况提示主要应严密观察。
由于尿路结石引起的肾积水，可以行体外震波碎石或者内镜下碎石取石治疗。病情较重，不允许做大手术，或者梗阻暂时不能去除，可以在超声引导下，经皮肾穿刺造瘘，将尿液直接引流进行治疗。输尿管炎性狭窄，或者晚期肿瘤压迫，引起的肾积水，可以经膀胱镜放置双j管，行内引流治疗。