肾功能治疗的方式是通过手术切开肾脏，放出多余的积水，难达到治疗的目的。但是具体的肾积水治疗要情况定制个性化的治疗方案，不能一概而论，原则上是需要挽留肾脏的功能，避免肾功能的进一步丢失，但是对于重度积水无功能的肾脏还是建议肾脏的切除。
U100钕激光碎石，它通过仪器发出红绿两种波长的脉冲激光，精准定位结石后，安全高效地击碎结石，取石篮自动跟进取石并冲洗。手术治疗，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，再施行去除病因的手术。梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施；冲击波体外碎石治疗，该技术是根据结石大小，电脑自动跟踪，精确定位结石，通过超声波的冲击，在体外将结石击成粉末或小米粒状，然后随尿液排出体外。
病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。药物治疗，合并感染者应给予抗生素治疗，消灭感染，缓解症状。
肾积水情况有很多，如为憋尿引起肾积水，可以通过勤排尿、多喝水、避免憋尿来改变。由泌尿系感染引起的肾盂积水，建议用抗生素治疗，建议做泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，因肾积水可以引起反复尿路感染，要查明病因，防止延误病情。
肾结石出现的肾积水，主要在于排石治疗。当石头排出体外后，积水会明显改善。如果结石在输尿管狭窄处，应该适当的增加蹦跳的运动，同时要多喝水，前提是结石在0.6厘米以内。如果超过0.6厘米并且在两厘米之间，根据情况应该采取超声冲击波碎石。