肾囊肿的治疗具体要看囊肿的大小而定。如果囊肿小于5cm则暂时无特殊治疗方法，但是需要注意饮食与药物对囊肿造成影响，同时3-6个月需要复查肾脏超声，观察囊肿是否增大。当囊肿大于5厘米时可以采取囊肿穿刺硬化治疗、囊肿去顶减压术或者肾脏切除术等。
如果为肾脏多发囊肿考虑多囊肾可能性大，此病为遗传性疾病，需要应用降低尿蛋白，保护肾脏降肌酐等治疗。如果为肾脏单发小囊肿，直径小于五公分，合并出血，结石感染等情况，一般不需要治疗，每半年或一年复查泌尿系彩超就行。如果单发囊肿大于五公分，需要通过穿刺抽液治疗。
肾囊肿是肾脏良性病变，具体原因不明，可能与肾小管憩室有关，随着年龄的增长，囊肿可以持续增大。当囊肿增大以后，可以压迫肾脏及周围组织，引起腰酸、腰部不适等症状。囊肿大于4cm，可以考虑手术治疗。最主要的手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，手术效果良好。如果囊肿在4cm以下，可以定期复查，暂不需要手术。
肾囊肿的原因不明确，可能与感染和遗传或体质等影响有关系，中药治疗肾囊肿不一定效果理想，药物治疗对囊肿的作用不是太大，主要是手术治疗处理，单个的避免表浅的也可以考虑穿刺，但是穿刺复发的概率比较大。如果是囊肿不大的话可以保守观察，无需处理，注意复查即可。
如果不是太大，也没有任何的症状，先不必特殊处理，观察一段时间，如果症状比较严重，引起了腰痛或者是血尿，那就应该进行手术治疗，肾脏的囊肿是一种良性的病变，手术以后是可以这样治疗恢复的。