肾病二期的治疗主要包括三方面，对因治疗、对症治疗和对肾脏病本身的治疗，如上呼吸道感染等引起的急性肾小球肾炎，对因治疗时需控制感染，病人出现浮肿时，需控制饮水量，适当增添利尿剂，出现高脂血症时，需积极进行降脂治疗及抗凝治疗，对肾脏病本身的治疗可采用激素。
如果患者病理穿刺为二期膜性肾病，患者应当在医生指导下应用相关药物进行治疗。对于一些初发的、表现为非肾病范围内的蛋白尿，而且是肾功能正常的患者，可以暂时不应用免疫抑制剂进行治疗，可以进行非特异性治疗。如可以应用控制血压、减少蛋白尿、抗凝等药物进行治疗，同时密切观察患者病情进展。
控制血糖强化血糖控制可延缓微量白蛋白尿向临床蛋白尿发展的进程。控制血压降压治疗应处于高度优先的地位。血压达标应在130/80mmHg以下，比没有糖尿病的控制血压的水平要低。控制血脂当经过血糖控制和饮食治疗不能达到目标时，可降脂药物治疗。控制蛋白尿血压正常的糖尿病，如伴大量白蛋白尿，应用ACEI或ARB治疗；血压正常，伴微量白蛋白尿的考虑应用ACEI或ARB治疗。
感染性的肾病需要进行抗炎治疗；梗阻性的肾病需要进行解除梗阻治疗；全身性疾病导致的肾损伤，除保肾治疗外，还需要纠正全身性因素；原发性肾小球疾病，可采取激素和免疫抑制剂等治疗。
一般治疗避免诱因，去除感染等诱因，避免接触肾毒性的药物或毒物，采取健康的生活方式，如戒烟、适量运动、控制情绪以及合理的饮食；针对病因和发病机制的治疗：肾脏疾病尤其是原发性肾小球疾病和继发性肾小球疾病，如狼疮性肾炎、系统性血管炎等，其发病主要机制是异常免疫反应。所以治疗常包括激素以及免疫抑制治疗。