临床上比较小的肾囊肿会自行的消失，但是由于有些囊肿比较大，所以一般是不会消失的，这时候可以当地医院去进行治疗，可以通过手术治疗，也可以选择保守治疗，但是要注意观察。
右肾囊肿不会自动消失，如果肾囊肿很小，不用特殊处理，每3个月复查一次即可，如果很大，需要给予穿刺、打硬化剂等治疗，因可能受到压迫肾组织，或有腰痛以及肾盂积水等症状，然后引起肾功能下降，也需要给予处理。
如果是右侧肾脏囊肿，需要到医院的泌尿外科进行诊断和处理。
通常情况下，胚胎肾囊肿并不是必须要进行手术，而且目前还没有任何有效的治疗手段。大部分的肾结石，都是良性的，而且增长的很慢。所以，不会对孩子的身体造成太大的伤害。胎儿右侧肾脏囊肿需要经常到医院做检查，如果囊肿没有扩大，那么就不需要进行手术。囊肿有扩大需要手术。
女性出现右肾囊肿是对身体造成以下危害。首先右肾囊肿如果大，就会对肾脏造成压迫，或者是对周围的器官造成压迫，就会产生腰部胀痛的临床症状，其次，右肾囊肿有可能会出现破裂现象，有可能会导致肾脏以及肾周围产生炎症感染的临床症状。另外右肾囊肿有可能会伴发出血的情况，所以当发现肾囊肿，建议需要及时到医院进行检查治疗。
右肾囊肿可以使用手术来治疗的，是可以治好的。肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常，单纯肾囊肿一般没有症状，可以不用治疗。只有当囊肿压迫引起血管闭塞或尿路梗阻时可出现相应表现。