肾囊肿是可以通过手术治疗就可以消除的，但是多数的肾囊肿是可以通过很好的护理也可以消除的，一般是不需要经过治疗的。如果肾囊肿的体积还比较小的下，病人是不用治疗的，只需要定期的进行复查之后，并且病人可以注意自己的生活作息和饮食方面。
肾囊肿治疗可以在B超定位下肾囊肿穿刺，只局限于肾下极、背侧的囊肿。因为创伤小，身体条件较差，高龄病人可以选择，但复发率高。另外一种是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，适合于肾脏任何部位囊肿，术后复发率低，效果好，但费用较高。
肾囊肿的患者在饮食上，其实并没有什么特殊的食物可以帮助减少囊肿的生长，早期的单纯的肾囊肿患者是在饮食上没有特殊要求的；但是如果患者肾囊肿引起了肾功能衰竭，饮食上就要低盐低脂优质低蛋白饮食了，比如每天的盐分摄入量控制在3-6克，以素为主，瓜果蔬菜可以吃，但是不可以大油大荤，另外含钾高的食物也需要控制的。
肾囊肿要通过药物治疗才能消除，对于小的肾脏囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。无症状者应时常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每六个月至1年进行一次肾功能。
肾囊肿没有明显的特效药。发现肾囊肿要看囊肿的大小，对于小囊肿没有症状时不需要做任何治疗，定期复查看，特别是小于4厘米以上的，观察囊肿是否继续增大，无症状者要经常做尿液的检查和泌尿系统超声检查。对于大于5公分肾囊肿，采取手术治疗。