碎石对于肾也是存在有一定的创伤，但相对比手术创伤会小的很多，激光碎石只要方法运用得当，掌握得当，不会对肾造成多大的伤害，如果对于体积较大较复杂的结石，可能需要多次治疗后，肾会有一定的损伤。
肾结石使用体外冲击波碎石时，对肾脏存在轻微的伤害，所以不能长时间进行体外冲击波碎石，否则可能会引起肾单位缺失或者肾脏纤维化，甚至造成肾功能衰竭等。在碎石的频率上不能过于时间集中的进行碎石，至少要间隔7天以后才能进行第2次碎石，而且反复碎石的频率从原则上尽量不要超过4次，如果碎石超过4次以上结石没有任何变化，不建议再继续碎石，建议采用其它方式。
碎石对肾脏有一定的伤害，但是伤害都比较小，碎石几乎都会出现肉眼的血尿，血量的多少与碎石所用的能量成正比，还与患者局部毛细血管的脆性有关，正常一般都是2-3次血尿，严重的患者2-3天之后血尿也会自行消失。
微创碎石在正常操作下对肾脏伤害不大，如果操作不当则会对肾脏造成极大伤害。
微创碎石是我们通常所说的体外碎石或体外冲击波碎石，当肾结石较小且位置比较好对焦、定位的时候，精准击碎石头则对肾脏伤害很小；如果肾结石较多且位置容易偏移，则需要多次、大范围的进行治疗，则可能对肾脏造成比较大的伤害，甚至引起肾脏出血。
做微创碎肾结石的患者需要到正规医院泌尿内科或者肾内科找医生诊断后，再根据病情进行治疗；术后注意卧床休息、清淡饮食并增强营养、术后三天适当运动促进结石排出。
激光碎石是对肾脏危害最小的手术方式。碎石包括体外碎石和体内碎石，激光的穿透度有限，在碎石过程中，除了对局部非常近的组织有热辐射以外，没有其它的损伤，碎石比较安全。
体外碎石主要是利用体外冲击波，对体内结石进行碎石的效果，一般是利用冲击波原理将结石击碎。体外碎石一般对肾脏的伤害是不大的，因为冲击波一般对身体的伤害也不大，体外冲击波碎石的治疗次数不要超过3-5次。由于肾组织戳伤修复所需要的时间大致在两周左右，因此连续两次应用体外冲击波治疗肾结石的间隔时间应在10-14天。