肾小管损伤首先需要去除病因，如药物或其他原因所致，可以恢复的。如果感染不能控制住，考虑细菌耐药，需要换用抗生素，以防止引起败血症出现全身症状。另外有些抗生素是有肾毒性的，长期服用会引起肾功能损害。
肾小管损伤可以治好，取决于是急性肾小管损伤还是慢性肾小管损伤。如果是急性肾小管损伤，多数是由于肾毒性药物引起的，比如非甾体类的消炎药和氨基糖甙类的抗生素。
如果肾小管损伤处于初期，仅仅只是有血尿，蛋白尿的症状出现，一般是可以通过治疗得到修复的。但如果是处于晚期，一般很难修复的。可以去医院检查一下，看看病情是否严重。
肾小管损伤多是由于肾脏的一些慢性疾病或肾功能衰竭引起的肾小管缺血、缺氧，从而导致肾小管损伤，肾小管损伤的治疗方法主要是对症治疗，通过治疗引起肾小管损伤的病症来治疗肾小管损伤，通过食用清淡的流质或半流质食物等不刺激的食物，营养肾小管，如果出现严重的肾功能障碍则只能通过透析治疗。
肾小管损伤的治疗需要针对病因进行治疗。如果是腹泻、呕吐、中暑等原因造成的身体脱水，进而影响到肾脏血液供应，需要输液，甚至输血，恢复肾脏的血液供应。如果是药物、食物中毒引起的肾小管损伤，需要尽快清除掉身体内的毒物，有的病人还需要使用糖皮质激素来控制肾小球、肾小管以及肾间质的炎症。如果是风湿性系统的疾病，比如干燥综合征，病人可能需要使用糖皮质激素以及免疫抑制剂进行治疗。