慢性肾孟肾炎需要通过口服药物并且配合静脉注射进行治疗。慢性肾盂肾炎有些是由急性肾盂肾炎转化而来的，而多数情况下都由于复杂性尿路所导致，比如肾盂输尿管连接处狭窄、前列腺的增生等。
肾结石导致的急性肾孟肾炎可以通过药物治疗、生活护理等方式进行改善。
肾结石是一种较为普遍的病症，由于结石中有大量的病菌附着，所以经常会出现泌尿系统的炎症。急性肾盂肾炎通常会出现高热、腰痛等症状，这种情况通常是非常严重的。若不及时处理，可能会导致严重的败血症，严重的有可能危及到患者的性命。首先要进行消炎处理，同时要根据尿液的情况进行尿液培养和药物敏感来进行后续的处理。抗炎症药物无效时，可以考虑做双J导管的外科治疗。如术后出现脓肾等情况，则应做肾脏造口等其他外科手术。
慢性肾炎的肾小球治疗主要是抗感染治疗，有些还可以使用糖皮质激素进行治疗。应注意定期复查以监测肾功能的变化。一些病人可能患有肾功能损害。保持局部清洁卫生，避免上行感染，注意多喝水，多排尿，有利于疾病的恢复，饮食清淡。适当运动，按时休息，不要熬夜。
如果是隐匿性肾小球肾炎，没有水肿，没有高血压，肾功能稳定，只有少量的血尿或者蛋白尿，无需特殊的药物治疗，只要避免劳累、感染以及肾损伤的药物，定期的监测血压，监测24小时的尿蛋白定量，内生肌酐清除率。
慢性肾炎的治疗主要是应当以防治或者延缓肾功能进行性恶化、改善和缓解患者的临床症状以及防治一些严重的并发症为主要治疗的目标，而不是以消除患者尿中蛋白、红细胞为主要目标。
慢性肾炎分为四期。第一期为肾功能储备代偿期，肌酐升高，但不出现症状，容易治疗。第二期为肾功能不全期，这时肾小球已经有较多损害，肾脏排泄废物已有障碍，表现为疲乏无力，体重减轻，血压不稳定。第三期为肾功能衰竭期，这时肾功能损害已经严重，应及时治疗。第四期为尿毒症终末期，此时患者只能采用透析治疗或肾移植。