肾脏囊肿分为先天性和后天性两种。其中先天性多数是遗传性的，主要是由于基因变异引起的，目前已知的与肾囊肿形成有关的基因主要是PKD1和PKD2。肾脏囊肿也可以是后天性的，例如：炎症的刺激、肾脏萎缩等可能会导致肾囊肿的形成。
肾脏囊肿可以分为单纯性肾囊肿、肾盂旁囊肿以及多囊肾。肾囊肿是由于集合管堵塞，造成尿液积聚造成的。多囊肾主要是由于先天性遗传引起的。单纯性肾囊肿，一般彩超可以发现肾脏有单发的囊性病变，囊壁比较光滑，囊液透亮，无回声。多发性肾囊肿，一般表现为肾脏多发的囊肿，常常伴有肝脏或者胰腺的囊肿。多囊肾属于遗传性的疾病。
肾脏囊肿是先天性的因素，家族中一代或几代有肾脏囊肿，有可能会遗传给下一代。后天性的因素，主要是因炎症、结石、梗阻、尿毒症或透析治疗后才发生的。如果肾囊肿直径小于6厘米，并没有压迫肾实质，定期随访、做超声检查。
肾脏囊肿一般都不要紧的，是一个非常常见的肾脏良性病变。很多人都会有，特别是对于一些中老年人出现肾囊肿的几率都比较大。肾囊肿来源于肾小管憩室，随着年龄曾增大肾小管憩室越来越多，就形成了肾囊肿。
肾脏囊肿如果直径小于4厘米，不需要医治，每年复查肾脏彩超，看是否已经长大；如果囊肿超过4厘米，位于肾脏里面，囊肿壁没有曝露在肾脏表面，还是继续每年复查肾脏彩超，看是否囊肿已经长大或者囊肿壁是否已经突出于肾脏表面，如果有部分囊肿壁已经曝露于肾脏表面，直径超过4厘米的肾囊肿就可以手术医治。