如果肾囊肿直径较大，超过5cm，或者是产生周围组织压迫的情况时，可以引起尿路梗阻的，需要行囊液抽吸术并行囊内注射硬化剂，这样可以避免囊肿的再次扩大。如果肾囊肿的直径>10cm，囊肿表现的比较巨大，对于肾脏组织压迫也影响比较大，需要手术治疗。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
左侧肾囊肿如何治疗，根据其大小、位置决定处理方法。如果是肾实质的小囊肿，直径小于5厘米，对肾脏无影响，定期复查，动态观察即可。肾囊肿直径大于5厘米，可压迫肾脏，位置靠近肾皮质，并部分突出肾脏的，可以行肾囊肿去顶减压术。
如果囊肿较小，对肾实质没有明显压迫，对肾功能影响不大，患者无任何不适症状，可以暂时不做治疗，如果囊肿直径较大，可以对囊肿进行穿刺引流。绝大多数肾囊肿都是通过微创的方法来进行治疗，比如用腹腔镜的方法，来对囊肿去顶，实际上就是一种减压的方法，把囊液放出来。腹腔镜有经腹腔，也有经后腹腔。
如果肾囊肿很小，就不需要治疗。通常小于5厘米的肾囊肿可以通过定期复查予以关注。小囊肿不会引起身体不适，只有一些大于5厘米的大囊肿会压迫身体其他器官，从而导致排尿异常或疼痛。