单侧肾萎缩的原因有慢性肾盂肾炎，肾动脉狭窄，及先天发育异常等。尽快完善相关检查，明确诊断。肾动脉狭窄者可以放入支架治疗。有一部分肾萎缩原因不明确，是没有办法治疗的，肾萎缩到最后就消失了，肾萎缩还是很难治疗的。
已经缩小的部分是不能恢复的，治疗病因来延缓肾萎缩，常见的原因是慢性肾小球肾炎，早期的慢性肾小球肾炎，往往需要使用激素或者是激素联合免疫抑制剂治疗。如果是糖尿病肾病，需要控制血糖。如果是高血压肾病，需要控制血压。如果是泌尿系统结石引起的问题，需要可能需要手术祛除结石。
在临床上，肾萎缩没有治疗方法，只能缓解肾脏继续萎缩的进程。由于肾衰竭在临床上的症状不明显，一般发现时情节就已经比较严重了。如果是单侧的肾脏萎缩，可以考虑采用手术切除的方法。但是如果是双侧的肾脏萎缩，就只能根据引起肾萎缩的原因，采取不同的手段缓解肾脏的持续性衰竭。
常见的就是肾动脉狭窄，如果肾功能还残存不少，可以在其中放入支架来改善肾脏的血液供应。肾脏萎缩提示肾的功能已经下降，但是具体还有多少，还有没有治疗价值，需要行双肾ECT检查。
要控制好能够损害到肾脏的病因，除了多囊肾，几乎所有肾脏疾病发展到最后都会引起肾萎缩。平时每年要定期体检，查尿常规、肾功能、泌尿系统彩超，监测肾脏有无问题，及时发现及处理。