如果是隐匿性肾小球肾炎，没有水肿，没有高血压，肾功能稳定，只有少量的血尿或者蛋白尿，无需特殊的药物治疗，只要避免劳累、感染以及肾损伤的药物，定期的监测血压，监测24小时的尿蛋白定量，内生肌酐清除率。
就目前而言，针对乙肝肾炎还没有特效的治疗方法，免疫制剂虽然对多种类型的肾小球肾炎有作用，但可能延缓宿主清除乙肝病毒的能力，因此多数人不主张激素治疗。
干扰素具有抗病毒的功效。对于肾脏的炎症，可以选择护肾的药物。其实乙肝的治疗很重要，如果能够将乙肝病毒控制在检测不到的程度，消除了病因，肾功能也会慢慢恢复，如果需要的话，可以选择免疫抑制剂或糖皮质激素来进行治疗。
肾炎分为急性肾炎、急进性肾炎和慢性肾炎。对于急性肾炎，因为具有自愈性，所以只要对症诊治即可，包括卧床休息、利尿消肿、降压、预防心或脑并发症的发生。对于急进性肾炎，一型的急进性肾炎，适用于强化血浆置换诊治，而二型和三型的急进性肾炎，多采取甲泼尼龙联合免疫抑制剂冲击就诊。
肾炎的治疗原则包括去除诱因，一般治疗，针对病因和发病机制的治疗，合并症及并发症的治疗和肾脏替代治疗。针对免疫发病机制的治疗，常包括糖皮质激素及免疫抑制剂治疗。血液净化治疗如血浆置换、免疫吸附等有效清除体内自身抗体和抗原抗体复合物。
肾炎可以使用药物来控制炎症反应，临床上比较常用的药物有免疫抑制剂类药物。还需要注意减轻肾脏的负担。肾炎一般还会伴有一些感染、高血压症状的发生，所以在治疗的时候也要密切注意这些症状的发生。饮食上要注意不要吃盐分多的食物，喝水要适量，以免造成水肿的症状加重。