可以采用超声进行监测，如果是囊肿直径大于四个厘米，可以在超声引导下进行囊肿穿刺并引流囊液，同时可以使用95%的乙醇或者四环素作为硬化剂注入囊腔内。但是如果肾囊肿直径大于八个厘米，可能需要手术治疗，有条件者可以行腹腔镜下肾囊肿去顶术进行治疗，这种手术创伤小，疗效确实，术后患者恢复快，已经成为治疗有手术指针的单纯性肾囊肿的精标准方法。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
一般的肾囊肿是良性的，大约直径为2-5cm，没有表现症状，也不需要治疗，只要平时注意即可。而当肾囊肿的直径超过5cm时，就应及时进行治疗，治疗的方法主要采用囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。若肾囊肿的直径大于10cm时，则只能进行手术切除治疗。
可以通过服用利水渗湿祛湿的药物来治疗，如果肾囊肿比较小是可以起到一定的效果的。中医认为本病多是由于肾精不足、痰瘀阻滞、脉络不畅所致。平时饮食宜清淡，注意防寒保暖，避免过度劳累。
肾囊肿较小的一般无需治疗，单纯性肾囊肿对周围组织和肾功能影响不大，无需特别关注，若囊肿直径超过10厘米，则要进行手术切除，通过腹腔镜的方法，可对肾囊肿进行去顶，通过释放囊液，达到治疗效果。饮食上要补充高纤维，高维生素的食物，如玉米，小麦等，多吃新鲜的水果蔬菜，戒烟戒酒，不要吃辣椒，海鲜，油炸性食品。