病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。
治疗肾积水越早越好，存在肾盂输尿管连接部异常的，则可采用整形手术尽早矫正，那么病情就能够得到明显的改善，而对于病情已经比较严重的，甚至以及影响到正常肾功能的，那么应该酌情选择积水肾切除术来达到治肾积水的目的。
肾积水较轻，病情进展缓慢，肾功能已达平衡和稳定状态可观察，但应定期检查了解积水进展情况。可自行解除的梗阻，如孕妇生理性肾积水。肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
肾积水的症状首先跟积水程度，跟是急性导致的积水还是慢性梗阻导致积水都有关系。比如急性梗阻导致的积水可以伴有明显的疼痛，包括肾区的，也就是常说的腰疼，另外输尿管的痉挛性疼痛，这种疼痛好多情况下如果是肾绞痛是很难忍受的，疼痛程度是非常厉害的，包括如果是慢性导致积水，有时候症状往往并不典型，但是积水到一定程度，有些人可以在肚子上腹部发现，包块发现越来越大，提示有一定的问题。
双肾积水的危害会引发结石。双肾积水危害是非常大的，长时间得不到治疗，会并发结石的形成，还会引起患者有感染，感染他是会加重梗阻，会加速肾功能的损害，是会使患者有肾积脓的情况，肾积水的还会导致肾结石。建议可以在医院做B超检查，CT检查，尿路造影等患者然后是可以在医院通过手术的方式来进行治疗，平时饮食要清淡。