功能性消化不良可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理。
进食的食物超过胃肠道的消化吸收能力可能会引起功能性消化不良，建议患者在医生的指导下服用补充消化酶和调节肠道菌群的药物。此外，日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激及油炸的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
功能性消化不良的康复期要看个人的情况，一般在一个月之内。
一般轻度的功能性消化不良，会有上腹的胀气、胃口减退等症状，需要及时的进行治疗，一般一个星期左右就会有所改善。不过，如果是重度的功能性消化不良，有可能会有喷射性呕吐等症状，需要很久的治疗，一般需要一个多月的时间。建议患者根据自身情况前往医院就诊治疗。
功能性消化不良可以服用一些相关药物和结合调整自身的作息饮食来治疗。
功能性消化不良，顾名思义，主要是指具有消化不良的临床表现，但是通过临床的检验、检测手段，没有办法明确有器质性因素这一类的患者，诊断为功能性消化不良。
通常功能性消化不良主要分为两大类，具体怎么用药，可以根据患者的临床表现来选择不同的药物。若是患者在餐后表现为餐上腹不适感或者早饱的症状，可以选择一些促进肠胃动力的药，比如四磨汤口服液。这个药物属于是中成药，有促进消化和止痛的作用，对于消化不良引起的腹胀腹痛有调理作用，情况严重的时候可以和抑制胃酸分泌的药物一起服用。
除了服用药物治疗以外，患者也可以适当吃一些益生菌，不仅可以改善胃肠道生态平衡，还可以改善菌群失调引起的肠功能紊乱。
建议患者平时养成良好的饮食习惯，避免烟酒，多食清淡、低盐、低脂等食物，避免暴饮暴食。适当的运动和充足的睡眠，避免过度劳累。
儿童功能性消化不良可以通过药物进行治疗。
儿童功能性消化不良一般是因为经常吃一些生冷的食物或饮品，或者食用补品过多都会导致儿童功能性消化不良。儿童功能性消化不良可以在医生的指导下使用抗酸的药物进行治疗，比如铝碳酸镁、复方铝酸铋等，同时还要在医生的指导下使用胃动力的药物，比如胃蛋白酶颗粒、多潘立酮口服液等。
平时应避免吃一些过硬和粗纤维的食物，也不要吃不易消化的食物，比如牛肉、羊肉等。
儿童功能性消化不良可以在医生的指导下使用抗酸药物进行治疗，比如复方氢氧化铝片、复方铝酸铋等，同时还要在医生的指导下使用胃动力药物，比如多潘立酮混悬液、胃蛋白酶颗粒等。
儿童功能性消化不良一般是因为经常吃一些冷的食物导致的，患儿主要会出现腹胀、腹痛、厌食、烧心等症状，同时还会伴有恶心、呕吐等症状，一旦患有儿童功能性消化不良，一定要及时治疗，避免耽误病情。
平时一定要避免给孩子吃一些粗纤维和过硬的食物，比如芹菜、蒜苔等。
儿童功能性消化不良，可以在医生指导下服用健脾散或者乳酸菌素颗粒等药物治疗，还可以通过按摩的方式进行治疗。
儿童功能性消化不良可能和长时间饮食不当有关，主要症状有恶心、呕吐、腹胀、早饱等，患者通过服用药物可以有效的缓解消化不良的症状，还可以通过按摩的方法，促进胃肠蠕，加快身体代谢。
常饮食不可以吃油腻的食物，比如油条、汉堡等。