原因尚不明确，环境因素和遗传因素相互作用。胎儿的心脏胚胎发育关键时期是在孕第3～8周，若母亲在此期间发生病毒感染，如巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒等，导致胎儿患先心病和其他畸形的危险性增加。可能因素：妊娠糖尿病、接触职业因素、生殖系统感染、接触化学物、住新装修居室、服用药物、呼吸道感染、感冒发热、精神刺激、主被动吸烟、接触农药、接触噪声、孕妇饮酒、病毒感染、营养不良。
先天性心脏病跟母体的因素、遗传的因素和环境的因素有关。母体的因素主要是母亲在怀孕的早期，尤其是在心脏形成的阶段，受到外界环境的刺激导致出现心脏发育畸形。这些环境的刺激主要包括首先是病毒感染，一般的病毒，比如流行性感冒、普通的病毒感冒、风疹病毒、腮腺炎病毒或者柯萨奇病毒感染，都可以导致心脏发育畸形而出现先天性心脏病。
通常情况下，新生儿先天性心脏病能治愈。具体情况分析如下：
新生儿先天性心脏病一般都是可以治愈的，尤其是房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉狭窄等，在去医院经过治疗后与正常儿童并无明显差别。但是有些复杂的先天性心脏病可以治疗，但治好后可能也有一些会留下后遗症，如单心室、完全性主动脉转位、法洛氏四联症等。
新生儿先心病是否出现病症，取决于畸形的严重程度，可有反复呼吸道感染，消瘦多汗，发育不良，哭闹出现口唇颜面发绀，吃奶时吸吮无力、喂奶困难，或婴儿拒食、呛咳，平时呼吸急促。
一般情况下，新生儿先天性心脏病肺动脉高压通常比较严重，具体内容如下：
如果新生儿出现了先天性心脏病肺动脉高压的情况，通常病情较为严重，需要及时进行干预，以免病情进一步发展。如果新生儿的病症发现较为及时，仍处于病情早期，经过及时的治疗，通常是可逆性的改变。但是，如果新生儿病情已发展得较为严重，则可能成为一种不可逆的改变，此时，新生儿还可能面临着严重的并发症和后遗症。
一般情况下，对出生缺陷进行产前诊断是十分有意义的。先天性疾病是先天性疾病，早期没有任何的征兆，如果没有及时的处理，错过了最好的治疗时间，所以治疗的结果并不是非常的好。而对新生儿进行早期的检查，可以使儿童早期发现、早期确诊、早期处理，从而提高新生儿的身体素质，减少婴儿和婴儿的死亡，提高儿童的预后。而检查的费用，也不算太高，只需要数百块。主要以心听诊法、经皮静脉血液氧饱和度测定两项方法进行筛查，既节省时间，又不会对胎儿造成损害。