所谓乙肝小三阳自然转阴，就是指不使用任何药物治疗，依靠感染者自身的免疫功能将乙肝小三阳转阴。不管是乙肝小三阳还是乙肝大三阳转阴的机率都是很小的。当然自然转阴也有可能。不过这样的状况很少见。
具体转阴的时间是无法确定的，这和机体的个体差异有关，乙肝小三阳转阴，一般都是经过长期有效的抗病毒治疗后，同时也是由于机体抵抗力不断增强，清除了乙肝病毒，而实现了乙肝表面抗原或者是乙肝病毒DNA成为阴性。
乙肝小三阳，只有少部分的人群有可能会实现乙肝表面抗原的转阴，大部分的人群还是很难转阴的。在乙肝小三阳人群当中，如果乙肝表面抗原定量很低，乙肝DNA数值很低的情况下，有可能会在短时间内或者长时间内实现自发地转阴，也可以在干扰素的辅助治疗下实现乙肝表面抗原的转阴。
乙肝小三阳出现自己转阴的概率是比较小的。
感染乙肝之后通常来说容易造成肝脏损伤，如果生活方式不理想或者自身免疫因素的原因，就容易造成肝炎，甚至有造成肝硬化，肝癌的可能性，所以一定要定期的体检，评估是否发病，如过符合抗病毒标准，或者出现肝硬化，肝癌的并发症，一定要尽早接受治疗，通过正规的抗病毒治疗，很多病人的病情可以得到良好的控制，虽然彻底治愈的概率比较小，但经过积极地治疗，可以延缓病情的进展，可以防止并发症的出现。
目前没有治疗乙肝的特效药物，关于大三阳转小三阳要多久，并不是所有的时候都是大三阳转小三阳是好的。有时候治疗不当，大三阳转小三阳还可能是病毒变异的表现，此时病情比大三阳时还要复杂，因此一定要做好检查化验。
乙肝小三阳病人需要3月复查1次肝功能，6月复查1次乙肝五项检查和乙肝DNA定量检查。乙型肝炎病毒在体内复制不活跃或者是没有复制，不会对肝功能造成影响，当病毒复制可能会对肝细胞造成破坏，肝细胞中的物质如谷丙转氨酶，谷草转氨酶会释放入血引起肝功能检查中转氨酶明显升高。需要进行相应的抗病毒和保肝治疗常用的抗病毒药物。