细菌性痢疾是由于细菌导致的，所以应该选择敏感性的抗生素来治疗。可以经验性使用药物，同时进行药敏实验，及时调整药物治疗。同时应注意避免服用止泻的药物以免加重病情。可是适当给予盐水来改善失水的情况，保持水电解质的平衡。
通常情况下，婴儿细菌性痢疾腹泻可以通过药物来治疗。具体情况分析如下：
婴儿细菌性痢疾腹泻的治疗，首先是应用抗菌素，细菌性痢疾是感染了痢疾杆菌造成的，此时就要应用头孢克肟等头孢菌素进行抗细菌治疗，等肠道的细菌被杀灭以后，孩子的腹泻症状自然就会好转。其次是给予对症支持治疗，如果腹泻的量比较多，要给予口服补液盐以纠正脱水和电解质的紊乱；发热超过腋下38.5度时，要给予布洛芬退热。
治疗的方法有：局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有一般治疗法，要卧床休息、消化道隔离，隔离至临床症状消失，大便培养连续两次阴性。给予流质或半流质饮食，忌食生冷、油腻和刺激性食物。
慢性细菌性痢疾的治疗原则是消除感染、提高机体的抗病能力和调整肠道的功能。急性细菌性痢疾是由治疗不及时、疗效不明显、营养不良引起的。其主要症状是腹痛，腹泻，腹胀等。在治疗方面，如果出现志贺菌，需要立即口服双歧杆菌三联活菌散，并配合口服思密达等肠粘膜保护剂，以调整肠道功能。2%的磺胺银可以保留灌肠，也可以口服中药来调理身体，提高免疫力。
治疗的方法有：一般治疗法，要卧床休息、消化道隔离，隔离至临床症状消失，大便培养连续两次阴性。给予流质或半流质饮食，忌食生冷、油腻和刺激性食物。还有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。
治疗细菌性痢疾好得快的方法有：中西医结合治疗，细菌性痢疾病程长，反复发作或迁延不愈，除用抗菌药控制急性症状外，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。局部灌肠疗法，直接把药物打到发病的肠道，这样直接可以杀死细菌，防止肉芽生长，有很好的疗效。