衣原体，只是说与细菌有差别而已，都只是一种常见的病原体，配合输液、给氧等一般治疗。对于合并症，如眼睑内翻、倒睫，尿道狭窄，女性不孕等，多需采用外科手术或其他综合治疗措施。
支原体和衣原体感染是一种性传播疾病。女性感染支原体和衣原体后，一方面容易引起非淋菌性尿道炎，另一方面容易引起宫颈炎和阴道炎，出现白带异常、外阴瘙痒等症状。这种现象需要抗生素进行抗感染治疗。在正常生活中，应该注意不要吃辛辣刺激的食物，多吃新鲜蔬菜和水果。
衣原体感染要看是哪个部位，如果是肺部衣原体感染，那么多表现为咳嗽，干咳等感冒症状。对于肺炎衣原体感染治疗上主要以氨基糖甙类抗生素为首选药物。另外可以应用止咳药物对症治疗，多饮水，多休息，多吃蔬菜水果。
衣原体感染选用有效抗生素治疗，有效治疗的疗程需7天-21天。经积极治疗，大部分预后良好。但其感染后获得的特异性免疫力较弱，持续时间短，易反复感染，清除不完全可造成持续感染。注意个人卫生，避免传染给他人；遵医嘱按疗程服药。
衣原体感染可以通过口服药物、静脉注射等方式进行治疗。
1、药物治疗：如果发现有衣原体感染，可以在医生的指导下口服罗红霉素胶囊、阿奇霉素分散片等抗生素进行治疗。
2、静脉输液：如果病人的情况很严重，光靠上述方法是无法缓解的，可以通过静脉输液来缓解。
衣原体感染两年了可以通过药物治疗来改善，还需要进行生活护理。
可以采取抗生素治疗，主要是口服大环内酯类抗生素，比如红霉素，或者是喹诺酮类抗生素，比如左氧氟沙星等，可以起到消炎、消毒的效果。多喝开水或者是喝稀饭，可以促进身体的新陈代谢，对咳嗽等症状也有一定的帮助。保证充足的睡眠，身体是有自我修复能力的，充足的睡眠对身体的康复是非常有益的，可以起到一定的辅助作用。在日常生活中要避免吃辛辣刺激的食物。