细菌性痢疾是由于细菌导致的，所以应该选择敏感性的抗生素来治疗。可以经验性使用药物，同时进行药敏实验，及时调整药物治疗。同时应注意避免服用止泻的药物以免加重病情。可是适当给予盐水来改善失水的情况，保持水电解质的平衡。
通常情况下，婴儿细菌性痢疾腹泻可以通过药物来治疗。具体情况分析如下：
婴儿细菌性痢疾腹泻的治疗，首先是应用抗菌素，细菌性痢疾是感染了痢疾杆菌造成的，此时就要应用头孢克肟等头孢菌素进行抗细菌治疗，等肠道的细菌被杀灭以后，孩子的腹泻症状自然就会好转。其次是给予对症支持治疗，如果腹泻的量比较多，要给予口服补液盐以纠正脱水和电解质的紊乱；发热超过腋下38.5度时，要给予布洛芬退热。
抗菌治疗是细菌性痢疾治疗最主要的部分，可以有效的控制病原体，选择口服也可以选择静脉滴注。另外一些其他的对症药物也可以作为选择用药。另外要给予对症处理，对于有水分和电解质丢失应该口服其他的药物。如果病人出现持续的高热，应该以物理降温为主，适当的使用一些退热的药物。对于症状比较重。
应采用中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。抗菌治疗，在治疗上一定要保持水电解质酸碱的平衡，对脱水者来说，一般应该口服补液严重者需要输液来进行均衡身体。
慢性细菌性痢疾的治疗原则是消除感染、提高机体的抗病能力和调整肠道的功能。急性细菌性痢疾是由治疗不及时、疗效不明显、营养不良引起的。其主要症状是腹痛，腹泻，腹胀等。在治疗方面，如果出现志贺菌，需要立即口服双歧杆菌三联活菌散，并配合口服思密达等肠粘膜保护剂，以调整肠道功能。2%的磺胺银可以保留灌肠，也可以口服中药来调理身体，提高免疫力。
治疗用以下方法比较好：局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。静脉治疗：快速静脉滴入低分子右旋糖酐（儿童10~15ml/kg，成人500ml）及葡萄糖盐水，待休克好转则继续静脉输液维持。