指甲真菌感染大多不能自愈，患者应积极治疗。
皮肤癣菌侵犯甲板及甲下所引起甲病变，俗称“灰指甲”。甲癣的病程缓慢，如果不进行治疗，可终身不愈，所以患者大多不能自愈。建议患者在医生的指导下使用阿莫罗芬、环吡酮胺、特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物进行治疗，能够有效改善病情。
指甲真菌感染可内服药物，单纯服用抗真菌药物，如灰黄霉素、氟康唑、斯皮仁诺等药物均有一定疗效，并且方便，但因为这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
一般指甲出现真菌感染，可见于灰指甲。可以使用灰指甲的药物治疗。也可以到正规医院皮肤科就诊，在医生指导下进行治疗。另外注意是否有脚气，如果有脚气也需要同时治疗。平时还要注意衣服鞋袜的卫生，防止出现影响。注意不要接触猫狗等动物。
手指和脚趾的大拇指甲真菌感染，就是常说的灰指甲，这个疾病治疗比较缓慢，使用抗真菌的药物进行治疗，至少口服半年，期间每月一次查肝功能。其指甲真菌感染，至少口服药物治疗3个月。
灰指甲就是真菌感染引起的，因为真菌感染是发生在指甲内侧。真菌感染对灰指甲的传播是比较常见的，不过真菌是不容易从指甲里面漫出来的，另一个方面灰指甲是需要拔除指甲盖来治疗的，配合具有渗透性的药物治疗效果会比较好。
选择一些无副作用的中成药来治疗。比如蝉蜕、钩藤、灯心草、生地、淡竹叶、谷芽、麦芽等，将洗干净之后煲水喝，适当的喝一些可以有效的缓解口腔白色念珠菌感染。也可以用一些提高免疫力的药物比如维生素c，口腔局部可以适当的用漱口水来清洁，这样联合用药效果是非常不错的。