乙脑疫苗比较安全，仅有少数小儿会出现不良反应。注射乙脑疫苗后可出现发热，还可出现头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，也可出现腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一般在1天内可自然消退。注射乙肝疫苗后还可出现局部不良反应，如注射部位发红、肿胀、出现疼痛、皮温升高等，局部的不良反应一般持续数个小时。
乙脑疫苗不良反应有发烧、头痛等。
接种乙脑疫苗后会出现发烧、头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，还有腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一天之内就会自行消失。注射乙肝疫苗后可能会出现局部的不良反应，比如注射部位发红、肿胀、疼痛、皮温升高等，局部的副作用会持续几个小时。接种乙脑疫苗后，如果有副作用，应立即就医，如长期未缓解或加重，则应立即就医。
打完乙脑疫苗包括局部和全身反应，通常在72小时之内可缓解。局部反应如身体注射部位会出现发红，一般24小时会自行消退，全身可能伴有发热，通常体温在38℃以内，通过多饮水多排汗就可将多余的增高的体温进行代谢和代偿，还会出现例如打喷嚏、流鼻涕等情况发生。
当持续出现异常反应时，建议家长应及时带宝宝去医院，在医生的指导下对症处理，期间注意保暖，多饮用温开水。
乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施。流行性乙型脑炎是由携带乙脑病毒的蚊子叮咬人后感染引起的脑实质病变。乙脑疫苗分为灭活疫苗和减毒活疫苗两类，也可出现红肿或皮疹现象，但大多症状较轻不需特殊处理，两天内可自行缓解，对个别出现严重过敏反应的，应及时采取针对措施。
乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施，对于乙脑疫苗注射以后出现的一些不良反应，如全身性的，发烧37—38摄氏度中间，伴随有腹泻，腹疼等，另外如果出现了反复注射的话不良反应的概率会高一点，所以注射以后要观察宝宝的反应，发现异常要及时就医。
孩子打完乙脑疫苗后发烧一般不会超过三天,乙脑疫苗作为外源性的致热源,可以引起机体发热,这种发热一般大部分孩子都是低热,很少有高热的,持续时间不超过三天,大部分孩子在一天左右。另外，乙脑疫苗接种后的不良反应还包括注射局部红肿、疼痛以及食欲不振、胃肠不适等消化道症状，一般持续3天左右就会自动消失。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。