治疗曲霉菌病，应首先在感染部位采取标本进行涂片检查及培养，找到病原真菌时方可确诊。自无菌部位采取的标本培养阳性者为疑似病例，根据感染部位、病原菌种类选择用药。严重感染的治疗应联合应用具有协同作用的抗真菌药物治疗。
肺曲霉菌病有两种类型，曲霉菌病和侵袭性肺曲霉菌病。动物肺部的侵入引起疾病，X射线可用于检查。治疗要注意保暖，纠正水，电解质和酸碱失衡。应对发热，喘息和呼吸困难进行对症治疗。
还是比较严重的，肺曲霉菌病是真菌感染引起肺部的炎症，需要根据培养的结果选择敏感的抗真菌的药物来治疗的，需要连续使用一两个月时间的，每个人恢复情况不一定。治疗期间会有引起肝功能损伤的可能性，需要护肝治疗。
治疗主要是对症和病因治疗，要注意保暖，避免受凉。如果出现有水、电解质、酸碱平衡失调的时候要及时纠正，对于出现发热，当体温超过38.5℃以上时给予退热剂治疗。出现有喘息、气促等呼吸困难的症状可以给予支气管扩张剂治疗。
肺曲霉菌感染的临床症状主要包括干咳、胸痛、部分病人咯血，病变广泛时可能出现呼吸困难、呼吸困难甚至呼吸衰竭。如果一些病人感染并累及中枢神经系统，可能会出现中枢神经系统症状，如头痛、头晕、恶心、呕吐等。
不同类型的肺曲霉病有不同的临床表现。侵袭性肺曲霉病的特点是发热、胸痛、咯血等。慢性曲霉病一般不发热，曲霉球常无症状，ABPA可有严重喘息、缺氧等。空洞结节影，但部分肺曲菌病患者表现为楔形实性影、中央支气管扩张伴粘液血栓形成等，因此其特点并不绝对。发病时CT表现典型的是早期炎性阴影，周围有雾状渗出物，炎性病灶伴有腔内实变，可见支气管扩张征象。