主要区别是差在了病毒的活性上，一个是没有活性的病毒，一个是活性较低的病毒，甲肝灭活疫苗的制备相对简单，安全性也高于甲肝减毒活疫苗，但是接种后的疗效相对不如甲肝减毒活疫苗。
甲肝减毒活疫苗与甲肝灭活疫苗的区别，就是疫苗中的病毒成分是否还存在活力。甲肝减毒活疫苗中的成分，存在一定病毒活性。注射入人体后，这些病毒还能在一定程度上进行增殖，从而让身体免疫系统消灭它。而甲肝灭活疫苗，其中的成分注射入人体后不会产生任何增殖。
甲肝减毒活疫苗与甲肝灭活疫苗的区别，就是疫苗中的病毒成分是否还存在活力。甲肝减毒活疫苗中的成分，存在一定病毒活性。注射入人体后，这些病毒还能在一定程度上进行增殖，从而让身体免疫系统消灭它。而甲肝灭活疫苗，其中的成分注射入人体后不会产生任何增殖。所以甲肝的减毒活疫苗，危险性稍大于甲肝灭活疫苗。
甲型肝炎疫苗有甲型肝炎灭活疫苗，和减毒活疫苗两大类。因为制备原理的不同，在有效性和安全性上存在差异。相对于减毒活疫苗，灭活疫苗具有更好的稳定性，而甲型肝炎减毒活疫苗的价格相对便宜。通俗一点讲，即疫苗是活的，但通常选用的是无毒或毒力很低，但免疫性很高的病毒或支原体种株培养繁殖后制成。
甲肝减毒活疫苗和甲肝灭活疫苗还是甲肝灭活疫苗比较好，灭活疫苗是采用技术把病毒完全杀死，而减毒活疫苗只是把病毒的毒性减低，还是存在有微毒，理论上对人体悟伤害，但病毒还是有反转的可能，对人体产生损害。
甲肝减毒活疫苗和甲肝灭活疫苗只需要打一种就可以，如果是打甲肝减毒活疫苗，只需要打一针就可以产生免疫力，如果是打甲肝灭活疫苗，需要打两针，两针之间要间隔六个月，通过接种甲肝疫苗产生甲亢抗体可有效防止甲肝感染，可以有效预防得甲肝。