发生肠道病毒感染时，进行隔离，进行大便常规的检查和药敏试验，采取有效的抗病毒药物对症治疗，如果并发有其他的情况，如呼吸道感染或皮肤感染等，根据症状对症治疗。
肠道病毒存在多种类型，如脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、EV71病毒等。每种病毒通常会引起不同的疾病，但会有一定的共同表现，主要症状表现为乏力、倦怠、发热等全身症状，还可伴有皮疹、结膜充血、腹痛、腹泻等症状症状，如果病毒侵犯消化道、心血管、呼吸道、中枢神经系统等多个脏器，可能会诱发肺炎、脑炎、惊厥、呼吸衰竭等病症，需及时就医进行治疗。
弱阳性是提示有感染的可能性，需要结合宝宝自身的情况，以及全身的症状而定。如果有出现皮疹、高热的情况，需要积极治疗。另外如果近期接种过手足口疫苗，也可能会出现弱阳性的结果。需要结合孩子的情况，积极对症治疗。
肠道病毒感染就是说肠道被病毒感染的意思。治疗以抗病毒治疗为主。肠道病毒感染是一种全球性感染疾病，夏秋季高发，多经粪口及呼吸道传播。可服用抗病毒药物及清热解毒中草药，补充维生素B、C等。平时注意休息，加强护理，对症和支持治疗。
新生儿肠道感染可以停止喂养可能导致新生儿肠道感染的食物，检查食物安全等因素，包括母亲乳房发生感染或未经完全消毒，配方奶出现问题、母乳冷藏时间过久或喂养食物温度较低等；发生新生儿肠道感染，可口服敏感抗生素进行治疗，如第三代相关药物类抗生素等；出现败血症，需及时进行静脉给药，并注意补充体液，若发生严重败血症，需停止喂养，避免出现新生儿坏死性小肠结肠炎。
新生儿肠道感染、新生儿肠炎的病情还是比较重的。人体肠道内有许多细菌，这些细菌分为三大类：有益菌、共栖菌及有害菌，正常情况下，有益菌数量远大于有害菌，抑制有害菌的生长、繁殖，保证人体健康。而新生儿肠道内的细菌比较少，一旦有有害菌的侵入，没有其他的细菌的制衡，生长繁殖很快，容易引起败血症，容易引起坏死性的小肠炎等。
