持续高热体温超过39度，常规退热效果不佳，高热不退或3日后仍然高热，常提示不是普通手足口病，神经系统表现，出现精神萎糜头痛眼球震颤或上翻呕吐易惊或惊跳肢体抖动吸吮无力，站立或坐立不稳等，其中精神萎糜呕吐肢体抖动相对容易被察觉到，一旦出现应予高度重视。
手上、脚上、口腔有表现，典型病例可以看到口腔黏膜有散在的疱疹或溃疡，为舌、黏黏膜及硬腭等处为多，有些也可波及软腭、牙龈、扁桃体等处。手、足、臀部、手臂、腿部也可出现斑丘疹或者疱疹，疱疹的数量可多可少。另外，手足口病是由肠道病毒感染引起的，有病毒感染的共同表现，比如发热或者头痛、肚子痛、呕吐、腹泻等。
儿童手足口病的临床主要以发烧、皮疹为主要表现，皮疹可见于手心、足底、臀部及口腔内，多为疱疹，轻症伴有神经系统体征，重症可出现高热不退、肢体抖动、嗜睡、甚至出现抽搐及昏迷，严重可并发肺水肿和心肌炎、脑炎，并危及到生命，诊断后应积极治疗，防止向重症发展。
对于手足口病来说，手足口病多见于五岁以下的宝宝，在发病的初期可能会表现为偏食，厌食，精神状态差，出现恶心，呕吐，伴有低热的情况。最后宝宝有可能会在面颊，口腔粘膜，手脚，臀部等全身多处出现高出皮面的小片状红疹，之后可能会发展为片状疱疹。出现以上的临床表现均提示为已经有了手足口病感染的初期症状，建议带孩子去当地医院做一下病毒学的检测。
重症手足口病的临床表现主要是肺炎、心肌炎和脑膜炎，如反复高烧、嗜睡、易休克、四肢颤抖、恶心和频繁呕吐等消化道症状。如果出现这种症状，你应该立即去医院住院。特定药物的使用和剂量应根据医生的话进行。
疱疹是手足口病的正常反应，可能由病毒感染引起。容易发高烧、抽搐、疲劳、嗜睡和不适。手足口有水泡。需要及时的靶向抗病毒治疗。有必要采取预防措施，注意儿童饮食的合理性，注意卫生和清洁，注意避免进食。