头孢克肟是属于第三代头孢菌素抗生素，临床上通常用于治疗淋病、扁桃腺炎和咽炎的治疗。头孢丙烯是属于第二代头孢菌素类抗生素，具广谱抗菌作用，临床上用于治疗急性上呼吸道感染，肺炎，支气管扩张，肺脓肿等疾病的治疗。区别就是第二代和第三代区别，还有抗菌能力强弱的问题。
这两个药都是消炎药，头孢丙烯是二代消炎药，头孢克肟是三代，头孢丙烯的药性大些，治疗病情比较严重的炎症比较好，感冒期间，要忌食辛辣刺激性食物，饮食以清淡为主。
头孢克肟与头孢丙烯都属于头孢类药物，其抗菌谱相似，所以作用也是相似的。可用于上呼吸道感染，下呼吸道感染，皮肤及软组织感染等疾病的治疗。两种消炎药不可以同时吃，头孢克肟是可以代替丙烯治疗扁桃体炎的。
头孢拉定是第一代头孢，头孢克肟是第三代头孢。头孢拉定对革兰阳性菌的杀菌作用强于第三代头孢；对各种倍他内酰胺酶的稳定性比头孢克肟差；对肾脏有一定毒性，与庆大霉素等氨基甙类抗生素或强效利尿剂合用时会加剧其毒性。而头孢克肟抗菌谱比头孢拉定广，抗菌活性更强；对倍他内酰胺酶稳定；对头孢拉定治疗无效的产生倍他内酰胺酶的细菌治疗有效；对绿脓杆菌等革兰阴性杆菌具有良好的抗菌作用；对肾脏基本无毒。
两者都为头孢二代类的抗生素，如果有明确的区别来看，可能跟个人的使用习惯不同，两者均对革兰(+)有较强的抗感染的作用，所以，不管是对上呼吸道感染还是下呼吸道感染，都可以用头孢丙烯或者头孢克洛等治疗。
头孢氨苄是第一代头孢菌素，主要作用于需氧的革兰氏菌如肺炎链球菌，头孢克肟是第三代头孢菌素，能够治疗对头孢克肟敏感的菌所致的轻度到中度的感染，如肺炎链球菌，淋球菌，大肠杆菌等。