对于停药的标准，是能够确定患者在停药之后不会出现病毒再复制。最靠谱的是乙肝五项中的乙肝表面抗原变成阴性，而乙肝表面抗体变成阳性，但使用核苷类似物一般无法达到这样的效果，所以可以联合使用干扰素进行治疗，一部分人可能会达到这样的效果，但是这部分人数量很少。
乙肝抗病毒治疗的停药标准规定，肝功能恢复的基础上，主要是参考谷丙转氨酶复查的基础上要达到双达标。双达标指乙肝病毒DNA转阴和E抗原转阴，甚至发生e抗原的血清转换，就是平常说的大三阳转为小三阳，达到这两个条件叫做双达标。
乙肝小三阳抗病毒治疗主要目的是抑制病毒复制，减少传染性，改善肝功能，提高生活质量，减少或延缓肝硬化、肝衰竭、肝癌的发生，符合适应证者应尽量抗病毒治疗。其停药指征包括：肝功正常；病毒定量阴性；HBeAg出现血清学转换，出现HBeAb，这称为完全应答，抗病毒治疗病例中不超过30％。临床治疗时间目前倾向于长期用药，出现耐药后及时更换抗病毒药物。
对于乙型肝炎来说，治疗是一个综合治疗。当然，最关键的治疗是抗病毒治疗，什么时候能够停药。对于保肝药来说，如果发病初始的时候肝功正常，需要服用保肝药。肝功正常以后保肝药就可以慢慢减量，停药。但是对于抗病毒药来说，停药非常慎重，分为不同的情况，如果是一个大三阳的患者来说，目前的指南认为吃核苷类食物，大三阳转成小三阳以后，维持治疗3年以后才可能停药。
最新乙肝停药标准是：大三阳患者抗病毒治疗一年后，如果出现HBV-DNA阴性、转氨酶恢复正常、出现血清转换（e抗原转阴，e抗体转阳），应继续巩固治疗至少一年。小三阳患者在抗病毒治疗一年后，如果DNA阴性、肝功能正常，应继续巩固治疗一年半。
乙肝停药主要包括抗病毒，包括口服核苷类药物和干扰素抗病毒。干扰素抗病毒停药的标准要结合实际情况来定。
一般来说，大三阳转成小三阳，病毒检测不出来，而且疗程满一年，乙肝表面抗原也没有下降的迹象，可以停药。如果乙肝表面抗原持续下降一年，那么干扰素的疗程可以延长到一年半到两年，因为有可能出现乙肝表面抗原转阴。如果是口服核苷类药物，至少要治疗四年以上的乙肝大三阳，大三阳到小三阳的治疗至少需要三年以上的时间。乙肝小三阳患者需要口服核苷类药物，直到乙肝表面抗原转阴。