口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
可以在医生的指导下配合使用一些外用涂抹药物加速愈合，轻度的口腔溃疡无需特殊治疗，7-10天会自然好，口腔溃疡的发生与缺少维生素，自身免疫的问题有关，可发生于口腔粘膜的任何部位，以唇、颊、舌部多见，严重者可以波及咽部粘膜。
可以先针对性的使用一些治疗口腔溃疡的药物，同时再适当的服用一些补充维生素的药物，并且在使用药物治疗期间，一定要注意多喝水，保证口腔清洁，这样就有助于溃疡的恢复。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
口腔溃疡治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。平常注意休息，避免进食酸辣刺激食物，以减少复发次数。