引起唇腭裂的原因当属遗传因素，从遗传方面来讲，有兔唇，也就是唇裂的患者，在其直系亲属或者旁系亲属中是能发现类似畸形的发生的，这就是说它与遗传相关的原因，有遗传学研究认为唇裂属于多基因遗传性疾病。从环境方面来考虑，在妊娠的前三个月中，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，是可能影响到胚胎颌面部的生长发育的，比如准妈妈缺乏营养，不忌烟酒，或者受到一些物理损伤等，都可能造成影响。
唇腭裂是口腔常见的先天畸形，发病率约为不高。在一个正常的胎儿中，在生命的第五个星期后，几个胚胎突起逐渐融合在一起形成面部，如未能正常发育便可发生畸形，其中包括唇裂。孕妇在怀孕期间应避免偏食，保证维生素B，C，D及钙，铁，磷的充分摄入，保持心境平和，避免精神紧张。
胎儿唇腭裂形成时期主要是怀孕头3个月，这段时间是非常重要的，如果孕妇缺少叶酸就会容易导致胎儿畸形，另外如果缺少维生素A和B可导致新生儿先天性唇裂、腭裂，这些都是需要特别关注的。
一般在4到6周，胎儿的面部逐渐发育的时候形成的，兔唇是一种先天性遗传病。如果在直系亲属和胎儿的相关家庭成员中有兔唇病人，可能导致胎儿患上这种疾病。此外，环境因素也是兔唇形成的重要原因之一。怀孕期间，如果孕妇有药物过敏、病毒感染、厌食、吸烟和被动吸烟、饮酒等引起的维生素C缺乏，胎儿可能患兔唇病。
唇腭裂患者后代发生唇腭裂的机会是正常人的3-4倍，孕期接触不良环境也可引起唇腭裂，如孕早期接触放射线、服用感冒药等，由于患儿出生后即可表现出唇部或腭部裂隙、畸形，因此唇腭裂的诊断较为直观。若患儿仅腭部裂隙、畸形，患儿父母无法发现。但是患儿饮水或吸奶时，将发生倒流或呛咳，此时到专业医生处就诊，大多数可以发现。唇腭裂胎儿期，妊娠五个月后，即可诊断出。
唇腭裂是一种先天性发育畸形，是指胎儿在发育过程中，由于受到某种因素的影响，使各胚突的正常发育及融合受到了影响或者阻挠。唇裂的原因是由于上颌突和球状突的融合受到了干扰导致。腭裂的原因是由于中腭突没能和侧腭突相融合导致。