口腔溃疡周期为7-10天，可以自行愈合，较重的溃疡持续时间较长，可达1-2个月。如果长时间病情没有得到缓解，需要及时就医。可以使用药物缓解症状，平时要注意避免辛辣刺激食物和太烫的食物，注意规律作息。
轻度口腔溃疡将在大约1-2周内自行治愈，用药物控制则可以缩短此过程。严重的口腔溃疡，也称为复发性坏死性粘膜周围炎，可发生长达一个月或几个月。疼痛严重，愈合后可能仍会留下局部疤痕。
创伤性的口腔溃疡会在一个星期左右痊愈，在此期间应忌食辛辣刺激的食物，都是用新鲜的瓜果蔬菜，还是应该在创面处用些治疗口腔溃疡的药物。创伤旁边的牙齿边缘过于锐利刺伤所致，口内有残冠、残根、或不良修复体，应注意检查及处理，避免长期的慢性刺激导致溃疡不愈。局部检查，将引起创伤的因素消除。
常见的是复发性的口腔溃疡，这类复发性的口腔溃疡，都是有自愈的倾向的，尤其是轻型的和中型的溃疡，大概一到两周就可以自愈了。常用的药物主要是减轻它的症状，然后尽量的加速它愈合的过程。
发作频率有一定规律性，每月一次以上属于频密，一般2个月或3个月发作一次，存在季节性的发作高峰期。口腔溃疡可以自愈，一般发病到痊愈的周期在7~15天之间。好了之后基本没什么后遗症。它是否会转化为“扁平苔癣”（属于组织细胞变异）尚不好说。