唇腭裂的治疗主要是通过整形来恢复口腔内的结构以及面部的畸形。但是选择什么样的手术方式以及手术时间还需要根据唇腭裂的轻重程度来考虑。最终的治疗目的是改善腭裂，恢复软腭的生理功能。术后还需要进行语言的训练来形成正确的发音。长大一些还需要到口腔科进行牙齿的矫正治疗。
可以进行唇裂手术治疗，最早可在出生后24小时或出生后3个月在患者免疫力良好的情况下进行，因为不仅婴儿免疫力强，能耐受感染，而且身体组织细胞不成熟，不易形成疤痕，为术后畸形恢复创造了良好的条件。
有唇腭裂现象的婴幼儿，在喝奶的时候，使用专用的奶嘴来帮助喂奶，能够避免出现呛奶的现象，唇腭裂的患者最好是尽早的进行治疗，唇腭裂治疗的时候相对来说时间比较长，难度也比较大。
唇腭裂是母亲在生长发育过程中一些不利因素造成的。这些因素可归纳为遗传因素和环境因素两大类，临床实践中经常发现唇腭裂患儿，在其直系或旁系亲属中，也有类似的畸形，这是由于某个基因的突变造成的。环境因素指的是胚胎生长发育的环境。母体是胚胎生长发育的温床，如果母体受到外界的干扰，就会影响胚胎发育。
唇腭裂是可以治疗的，现在的医疗技术很先进的，单侧唇裂患儿需要在3个月时做初期手术，双侧唇裂在6个月时进行初期修复手术，腭裂在10-12个月做初期修复手术。唇腭裂初期修复后部分患儿要进行二期继发畸形修复、齿槽嵴裂的植骨和牙齿的正畸等治疗。