唇腭裂的治疗主要是通过整形来恢复口腔内的结构以及面部的畸形。但是选择什么样的手术方式以及手术时间还需要根据唇腭裂的轻重程度来考虑。最终的治疗目的是改善腭裂，恢复软腭的生理功能。术后还需要进行语言的训练来形成正确的发音。长大一些还需要到口腔科进行牙齿的矫正治疗。
可以进行唇裂手术治疗，最早可在出生后24小时或出生后3个月在患者免疫力良好的情况下进行，因为不仅婴儿免疫力强，能耐受感染，而且身体组织细胞不成熟，不易形成疤痕，为术后畸形恢复创造了良好的条件。
采用以下方法进行治疗。对症治疗：唇裂修复和腭裂修复的时间不同。唇裂通常可以在宝宝两三个月时通过手术进行修补。改良兰氏手术治疗：沿裂缝边缘做一纵切口，将粘膜切开；沿压槽突内侧做一松弛切口，在将鼓膜玻璃器自松弛切口插入，将硬腭骨膜完全掀起。
对症治疗：对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。手术治疗：对5至10岁的腭裂患者，实施在腭裂整复的同期行华西咽后壁增高术，以助腭咽闭合率的提高。
唇腭裂是可以治疗的，现在的医疗技术很先进的，单侧唇裂患儿需要在3个月时做初期手术，双侧唇裂在6个月时进行初期修复手术，腭裂在10-12个月做初期修复手术。唇腭裂初期修复后部分患儿要进行二期继发畸形修复、齿槽嵴裂的植骨和牙齿的正畸等治疗。