扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的情况下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大，在此提醒各位扁桃体结石患者，扁桃体结石的发病初期是治疗的时间。
扁桃体结石多为急性扁桃体炎反复发作导致扁桃体分泌物排出受阻，导致导管阻塞分泌物潴留所致的扁桃体结石，发现扁桃体结石一般并发扁桃体充血肿胀，要想清除结石，首先要注意口腔卫生，应用口腔含漱药物，局部应用口含片，促进结石排出。
扁桃体结石是不会癌变，是上皮过度角化的疾病。扁桃体结石是扁桃体的一个慢性疾病，同时可伴有其他咽喉部黏膜的结石。扁桃体结石，主要是由于扁桃体的急、慢性炎症，导致扁桃体隐窝处的上皮过度角化，局部所形成的一种尖锐的沙粒状物，附着在扁桃体表面。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
长期扁桃体结石会使病人感到不适或疼痛。结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，产生令慢性口臭。