手足口病和疱疹性咽峡炎在早期有相似的症状，在中后期会有明显的区别。手足口病早期会出现发烧，持续两三天以后首先咽部或者口周会出现疱疹，紧接着皮肤尤其是在手心、脚心、肛门周围的部位会出现疱疹，可以明确的诊断。而疱疹性咽峡炎发烧一两天以后，仅限于咽喉部位出现红色的点状的滤泡性的疱疹，伴有咽部的疼痛，影响喝水或者吃饭，婴幼儿可能会出现流涎，拒食。
疱疹性咽颊炎的疱疹位置主要以口腔为主，而得了手足口病的孩子，疱疹除了出现在口腔以外还会出现在手，足，口，臀部或者膝盖部都会同时出现。手足口病和疱疹性咽颊炎都属于肠道病毒引起的呼吸道传染病。
一般情况下，疱疹性咽颊炎可能会自愈，具体内容如下：
疱疹性咽峡炎主要是因为肠道病毒感染而导致的，这种情况下，只要患者的心理状况良好，没有任何的副作用，就会逐渐的痊愈，不过一般需要3-5天的时间。尽量不要食用辛辣的东西，以免引起患者的痛苦，要多食用富含维生素c的食品。最重要的是要让患者多休息，多饮水。
小儿疱疹性咽颊炎是一种常见的急性传染病、发热性疾病，常见的发病季节为夏、秋季，主要是由于A组柯萨奇病毒和其它肠道病毒。可以从临床表现、特征性、口腔损害等方面做出诊断，较好的方法是从损害部位，分离出病毒，或用特征性抗体，提高滴度。
临床上常见的鉴别方法包括疱疹性口腔炎，其特征是在任何季节都可发生，溃疡较大，持续时间较长，溃疡持续时间较长，柯萨奇型感染时行病毒也可导致相似的症状，但口咽损伤明显，表现为白色至黄色的结节。
治疗以对症为主，病史表现，此倾向有流行倾向，多见于婴儿，多发于夏秋季，发病以高热、咽痛、烦躁不安、厌食呕吐、全身不适、吞咽困难、精神萎糜等。
疱疹性咽颊炎是一种具有传染性、发热性疾病，是由许多A组柯萨奇病毒,或者也有其他肠道病毒引起的。
它的特点是疱疹性、溃疡性黏膜损伤,经常出现在婴幼儿。它的特征是骤起高热伴有咽喉痛，并常有颈、腹和四肢疼痛，在婴儿常发生呕吐和惊厥。
建议加强锻炼，增强体质，提高免疫力，补充锌，B组维生素等。加强护理，每天用淡盐水漱口，做好个人防护，少去人口密集场所。