要根治舌下囊肿的方法是切除舌下腺，而不需摘除囊壁，年幼或体质虚弱而不能耐受舌下腺切除术的患者，可切除囊肿前壁，并将其边缘与口腔粘膜缝合(袋形缝合)。最好根治方法是完整摘除病变组织及腺体。最后患者需要注意的事是，一定要到正规口腔专科医院治疗此病。
舌下囊肿严重的话可以做手术切除，它是由于舌下腺或者颌下腺的开口堵塞，分泌物滁留导致的，严重的可以影响发音或者舌头的功能，平时要注意口腔卫生，按时刷牙漱口，多吃新鲜蔬菜水果，注意休息，避免劳累。
舌下腺囊肿可以去用手术进行切除。舌下腺囊肿是因为舌下腺产生的口水不能通畅的流出来，长时间就慢慢的形成了囊肿。做手术，把舌下腺和囊肿一起摘掉，可以避免再次复发。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
