长期扁桃体结石会使病人感到不适或疼痛。结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，产生令慢性口臭。
扁桃体结石是不会癌变，是上皮过度角化的疾病。扁桃体结石是扁桃体的一个慢性疾病，同时可伴有其他咽喉部黏膜的结石。扁桃体结石，主要是由于扁桃体的急、慢性炎症，导致扁桃体隐窝处的上皮过度角化，局部所形成的一种尖锐的沙粒状物，附着在扁桃体表面。
在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。如果不注意刷牙漱口，不注意清理的情况下，容易得扁桃体结石。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
多是由病毒感染引起的，可以吃点药物，多饮水，多休息，如果有嗓子发炎的症状还要喝消炎药的，避免生冷硬及麻辣等食物，也要养成良好的生活与作息习惯。多吃一些有营养的果蔬。