一般扁桃体结石如果是特别小，其实可以用镊子去除，比较大的可以通过手术取出，但须防止坠入呼吸道。若因结石刺激引起周围炎症可以局部治疗。可以服用消炎药头孢菌素抗生素或者罗红霉素胶囊看看。必要时激光手术治疗。
扁桃体结石需使用手术处理治疗。需要到医院完善检查，明确病因病情，给予针对性治疗处理。生活中注意个人卫生清洁，合理饮食清淡，避免辛辣刺激食物，补充维生素微量元素等，在医师指导下选择好的手术治疗方案。
如果扁桃体结石比较小，可以用镊子或刮齿就能够自行取出。如果结石比较大比较深就需要局部切开，然后让医生取出。如果反复发作比较顽固的情况下需要直接手术切除扁桃体。扁桃体结石一般位于扁桃体窝内。成年人扁桃体上凹凸不平有很多瘢痕，食物残渣以及细菌就会繁殖从而出现结石。会出现口腔内异味、疼痛等情况，饮食上要清淡，饭后漱口。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石一般清理价钱在几十元左右。
扁桃体并无结石存在，可能是慢性扁桃体炎引起的扁桃体隐窝口干酪样分泌物。扁桃体隐窝口的干酪样分泌物，呈乳白色或乳黄色颗粒样，气味臭，是由扁桃体隐窝内的大量脱落上皮细胞以及白细胞、淋巴细胞、细菌所组成。如无明显不适感，不需要特别进行清理，这些分泌物一般会自动排出、被咳出。如感觉到咽喉部有明显异物不适感，也可以到耳鼻咽喉科进行清理，费用无特殊的收费项目，各家医院相似收费，如咽部异物取出等。各省收费标准不同，如按咽部异物来收费，几十元左右。
小结石可以用刮匙或者钳子取出，个别的可用负压吸引取出。比较大的结石，可在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。如果结石刺激引起周围的炎症，可以口服消炎类药物局部治疗。对于顽固性的扁桃体结石，保守效果不好，可以行扁桃体切除术。