大部分扁桃体结石没有症状，部分可以有咽部异物感、咽痛、口臭等症状，有时扁桃体结石会自行脱落或咳出，经常有特殊的臭味。较大的扁桃体结石自己可以通过照镜子发现，扁桃体隐窝内呈白色、黄色的砂石或豆渣样物，比较隐蔽或比较小的扁桃体结石需要检查才能发现。
扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝引流不通畅，导致内部存留的干酪样腐败物，一般会从口腔内咳出，呈淡黄色或白色，会伴随有异味。引起这类疾病的主要原因，会和反复发作的扁桃体炎或者不注意口腔卫生，食物残留于扁桃体隐窝内导致。
扁桃体结石是由于慢性扁桃体炎，扁桃体隐窝内的分泌物积聚、钙化物沉积，形成的比较坚硬的结石样物质。大部分扁桃体结石没有症状，部分可以有咽部异物感、咽痛、口臭等症状，有时扁桃体结石会自行脱落或咳出，经常有特殊的臭味。较大的扁桃体结石自己可以通过照镜子发现，扁桃体隐窝内呈白色、黄色的砂石或豆渣样物，比较隐蔽或比较小的扁桃体结石需要到医院检查才能发现。
扁桃体结石是可以自己抠掉的，扁桃体结石，是由扁桃体的脱落上皮细胞和食物的残渣混合而形成的，和扁桃体的联系也不是十分紧密，并没有血液供应，不存在出血的可能，只要自己的方法得当，完全可以通过自己的努力把他清理出去。如果自己没有清理干净，可能还会反复发生，可以到医院治疗。如果反复多次发生，无法清理，可以手术切除双侧扁桃体。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
清理扁桃体结石的方法可以通过漱口，或者通过镊子将扁桃体结石夹出来。大的扁桃体结石，夹不出来，就需要到耳鼻咽喉科门诊去取出来。需要注意口腔卫生，饭后多注意漱口，可以进一步预防扁桃体结石的，扁桃体结石还会经常出现。