二甲双胍主要的副作用是胃肠道的反应，如恶心、腹部不适、腹泻。还有极少数患者可出现皮疹、荨麻疹。二甲双胍可以抗血小板聚集、降脂，但要掌握好它的禁忌症，如有严重的肝肾功能不全的糖尿病、严重感染缺氧、接受大手术的患者，暂时不要使用。
二甲双胍是治疗糖尿病一线用药，还有减肥的效果，特别适用于肥胖的2型糖尿病患者，副作用就是胃肠道反应，可能会有腹泻，恶心，呕吐等，一般只要能耐受，是没有关系的。还有比较少见的情况是乳酸酸中毒，乳酸高的人不建议用二甲双胍，发热，昏迷，缺氧的情况下不建议用，其他情况基本上是没问题的。
二甲双胍最主要的副作用是消化道反应，常见的是恶心、呕吐、腹泻、腹痛，甚至部分出现胃酸增多等，此类副作用通过合理的剂量选择，可以避免发生。缺氧性疾病或心衰应用二甲双胍可诱发乳酸性酸中毒，应避免应用。
二甲双胍表现为食欲不振、恶心、呕吐、腹泻、胃痛、口中金属味。可在不同程度上减轻以上的不良反应。有时会有乏力、疲倦、体重减轻、头晕、皮疹的情况。目前没有好的替代药物，当出现胃肠道反应时，可以先观察看看。
长期服用可以引起吸收不良，减少维生素B12在肠道的吸收，时间较长，使血红蛋白减少，产生巨红细胞贫血。还有的会出现消化道症状，比如恶心，呕吐，腹泻等，有时会出现乏力，头晕，皮疹等症状，极少一部分可以出现乳酸性酸中毒。
在出现下列情况时，二甲双胍应禁用，肝肾功能不全者，处于低氧状态者，如慢性心功能不全，心力衰竭，慢性阻塞性肺疾病，肺源性心脏病，周围血管病变等，急性心肌梗死，严重感染和外伤，重大手术，既往有乳酸性酸中毒病史者，酗酒者，孕妇，急慢性代谢性酸中毒，当日使用造影剂者，近期有上消化道出血病史者，血液系统疾病，如维生素B12，叶酸和铁缺乏的患者。