长期吃甲亢药的副作用有肝功能损害，还有部分胃肠道的损害。甲亢药物的副作用可能会有过敏反应，可能引起皮疹、皮肤瘙痒风团丘疹。肝功能的损害主要是以丙硫氧嘧啶多见，引起转氨酶的增高，停药后好转。
甲亢是指甲状腺功能亢进症，诊断指标主要是临床症状和甲状腺功能数值。
1.临床症状：甲状腺功能亢进症患者可能会出现多食而消瘦、焦躁易怒、疲乏无力、甲状腺弥漫性肿大、怕热多汗、皮肤潮湿、心慌气短、心动过速、多对称无压痛、可闻及血管杂音。
2.甲状腺功能数值：血清游离甲状腺素升高，血清促甲状腺素降低。临床上还有不典型的甲亢，如高代谢症状不明显，仅表现为消瘦或房颤。还有少数的T3型甲亢，仅血清T3升高。
一般情况下，甲亢是由于甲状腺激素分泌过多，释放入血所导致的高代谢症候群。
如果长期不治疗，可能会对消化系统、内分泌系统、心血管系统造成影响，具体分析如下：
1、对于消化系统：会出现消瘦、大便次数增多，长期会导致营养不良。
2、对于内分泌系统：会造成患者失眠多梦等一系列不良后果。
3、对于血液系统：会影响白细胞，使白细胞、中性粒细胞绝对值降低。
服用抗甲状腺药物所导致的副作用，像白细胞减少、药物性皮疹、关节疼痛、胃肠道疾病、血清谷丙转氨酶增高，以及药物性肝脏损害等。全身抵抗力显著下降。甲亢时甲状腺激素分泌过多，促进精、脂肪、蛋白质三大营养物质代谢，加速氧化。
甲亢病是指由于甲状腺激素合成和释放增多所引起的一种病症，是内科常见的一种内分泌性疾病，可表现为心慌、心悸，心动过速、怕热等，严重的会引起甲状腺相关性眼病，以及甲亢性心脏病，而导致视力下降。